Przebieg choroby najczęściej jest dość łagodny i nie doprowadza do niewydolności nerek. Natomiast niestety u 1/5 pacjentów może prowadzić do niewydolności nerek i mówi się, że około 20% przypadków w ciągu 20 lat wymaga dializ, lub transplantacji. Bardzo rzadko dochodzi do tzw. gwałtownie postępującego kłębuszkowego zapalenia nerek, które w ciągu 2-3 tygodni doprowadza zupełnie do zniszczenia nerek. Tutaj leczenie jest bardzo skuteczne w tych postaciach. Warunkiem jednak jest wczesne rozpoznanie, liczy się każdy dzień.

Objawy nefropatii IGA najczęściej są dość skąpe. To jest niekorzystne o tyle, że nie alarmuje pacjenta i pacjent do lekarza zgłasza się bardzo późno. W około 50% przypadków występuje nadciśnienie tętnicze. Pobolewanie w okolicy nerek występuje ale nie zawsze. Nie występuje podwyższenie temperatury, oraz gwałtownych objawów. Jest to choroba podstępna, rozpoznawana najczęściej w przypadkowym badaniu moczu, lub też gdy pacjent z powodu nadciśnienia zgłasza się do lekarza i ten stwierdza zmiany.

W nefropatii IGA próbuje się wyeliminować podstawowe antygeny, czyli antygeny zawierające gluten, cztery podstawowe zboża, pokarmy mleczne, jaja, mięso. Daje to jednak efekt tylko u osób, u których nefropatia była na tle zaburzeń wchłaniania tych właśnie antygenów. Natomiast podstawowym lekiem są inhibitory konwertazy, które są bardziej znane jako leki przeciw nadciśnieniowe. Dla nefrologa są one przede wszystkim lekami chroniącymi nerki przed uszkodzeniem, zmniejszają  ciśnienie filtracyjne w kłębuszku i w związku z tym ochraniają kłębuszek przed niszczeniem. Jest cała grupa tych leków i większość ludzi, która ma nadciśnienie  przyjmuje je. Druga grupa leków są to leki immunosupresyjne, stosuje się je tylko w wybranych przypadkach. Zwłaszcza wtedy, kiedy występuje duży białkomocz. Innymi lekami są kwasy tłuszczowe nienasycone z grupy  omega-3, są one zawarte w rybach morskich, w tranie. Są dostępne np. w kapsułkach w związku z tym są łatwe do stosowania. Bardzo mała grupa osób z nefropatią IGA ma niewydolność nerek i wtedy są oni dializowani, albo przy pomocy sztucznej nerki jest to tzw. hemodializa, bądź przy pomocy dializy otrzewnowej.
Jeśli chodzi o grupę osób źle rokujących, czyli tych u których występuje niewydolność nerek, wtedy możemy leczyć tych chorych za pomocą hemodializ. Można też przeszczepić  im nerkę. W tej chwili jest bardzo popularny program transplantacji w Polsce również nerek, jako metody z wyboru. Czyli zanim się rozpocznie dializy to można wykonać transplantację nerek.

Trzeba powiedzieć że niestety w chorobie tej może występować nawrót nefropatii IGA do przeszczepu. Dzieje się to w 20 do 50% przypadków, co prawda rokowanie nadal pozostaje dobre, ponieważ około 75% przeszczepionych nerek przez około 5 lat funkcjonuje dobrze, ale może występować wtedy białkomocz, krwinkomocz. Tutaj należy powiedzieć, szczególnie dawcy rodzinnemu, dawcy żywemu że istnieje możliwość nawrotu choroby do przeszczepionej nerki.